收获的紫甘薯不要放在露地晾晒，应直接放入贮藏房间。贮藏房间应是门窗严实、清洁卫生、取暧方便，有存贮紫甘薯历史的房间应用杀菌剂灭菌消毒。在舍内靠近墙壁的地方下垫干净稻草或废报纸等物，将薯块精心分层码成宽80—90厘米，高90—100厘米的“薯垛”，长度依紫甘薯多少和房间条件而定，垛的边际部位用直条薯块精心码齐，装入箱或筐内码成垛更好。结合码垛再次剔除伤、病薯块，然后用一至二层牛皮纸或报纸、聚乙烯塑料膜等将垛盖严实。
    贮存环境理想的温度条件9—13℃为宜，前期由于气温高，室温可高达20℃左右，这对紫甘薯没什么影响。随时间推移温度开始缓慢降低，50—60天后会降到5—10℃，由于紫甘薯采收的时间已较长，生理活动降低，短时间（2—3小时）出现5℃不会对紫甘薯有影响。但此时应当考虑升温、保温措施。如增加复盖物，屋内生火等。仅管如此室内温度低于9℃时，就应注意防止继续降温。     
    由于复盖的牛皮纸等物具有一定的透性，薯垛内的湿度可达80—85%和理想湿度条件相近，垛内CO2也有一定的积累，这对抑制紫甘薯的生理活动会有一定作用。需要食用和上市时，可以从垛的一端随时取出。并可以借此观察情况，随后立即盖好。