农民专业合作社给统一的农业生产模式提供了组织基础。合作社通过开展农业规模化生产，组建了一批无公害生产基地，为农产品质量安全管理提供了实施和示范平台。在生产上实行“统一选种、统一生产资料供应、统一生产技术规程、统一包装、统一销售”，使分散生产的产品质量趋于统一，保障了农产品质量。由于“市场准入”制度的实行，农民可以统一认证，进行品牌整合，通过建立可追溯的生产销售记录，建立起有效质量安全追溯，形成一种“看得见的农业”发展模式，全面落实农业标准化生产。

农民专业合作社的利益共享机制促使农民自发保护农产品的质量。获取经济利益是社员响应、参与农产品安全生产的动力来源。由于农民专业合作社建立了一种“利益均沾，风险共担”的契约关系，一方面增强了生产者的责任感，有利于安全生产，另一方面社员之间也建立一种默契――任何一种违约或败德行为都会影响到所有会员的利益。

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农民专业合作社本身就是一个有效的基层质量监督体系。规范的专业合作社能够针对以往部分社员在农业安全生产中的随意行为,切实有效地控制农户在用药、施肥中的不规范做法，并以实行质量安全自愿连片、联保的方式，强化质量安全生产监控能力。参与联保后,社员除了接受纵向监督外,合作社还制订了社员之间的横向监督制度,即同一保区内的不同社员之间在安全生产方面负有连带责任,一户违约,各户有责,相互监督,互相制约。

农民专业合作社降低了农民进行安全生产的成本。成规模的专业合作社大都建起了与消费者之间的“直通渠道”，减少了农产品在产销过程中的中间环节，降低了流通成本，合作社成员获得的利益多了，而消费者也可以购买到品种丰富、安全可靠、价格优惠的优质农产品。除了在销售环节保障社员的利益外,在投入品的提供环节，合作社为社员提供投入品不以赢利为目的,只收取少量的手续费和损耗费,一定程度上降低了社员安全生产的投入成本。

可以说，合作社实现了生产过程的全控制。对主要农业投入品实行统一采购供应，降低采购成本，确保投入品安全；产中，制定保障农产品质量安全的生产技术要求和操作规程，实施农业标准化生产，做到生产过程有纪录、生产质量有保证，确保产品优质；产后，进行统一分级和包装销售，提高销售组织化率，确保利润实现。